男性生殖器疱疹是单纯疱疹病毒感染引起的，所以主要的治疗就是抗病毒治疗，可以在医生指导下使用阿昔洛韦、伐昔洛韦、泛昔洛韦等药物进行治疗。除了抗病毒治疗还要注意对症治疗，平时可以用生理盐水清洗患处，保持患处清洁干燥。如果合并细菌感染，可以在局部使用抗生素药膏进行治疗，如红霉素软膏、新霉素软膏等。局部疼痛比较严重的患者，可以涂抹盐酸利多卡因或者口服止疼药缓解症状。