如果三个月婴儿拉肚子是由于消化功能发育不完全、人工喂养不当、感冒、对奶粉过敏、受凉、消化不良等原因导致的拉肚子，通常可以自愈，平时要注意给孩子保暖，调整喂养方法。但如果婴儿拉肚子是由于细菌病毒感染导致的，难以自愈，则需要及时到医院进行检查明确具体病原体，给予抗生素、抗寄生虫药或抗病毒药进行针对性治疗，并且使用保护胃肠道黏膜的药物进行治疗，如果腹泻严重还需要静脉补液，纠正水电解质紊乱。