小脚趾外侧疼痛的原因有：一、长时间穿着不合适的鞋子，导致脚趾受到反复摩擦和挤压，从而引起不适。二、如果患者的小脚趾存在先天性畸形，也会在运动时与鞋子或者其他脚趾发生摩擦，出现疼痛等症状。三、如果患者本身存在骨关节炎或者痛风性关节炎等疾病，也可能引起症状。建议患者平时穿着宽松的鞋子，出现症状后应该注意休息，减少运动量，也可以通过热敷、按摩等方法缓解不适。