儿童肠炎腹泻症状严重的患者可以适当的服用止泻的药物，如蒙脱石散。还可以适当的服用胃肠道黏膜保护剂药物，如胶体果胶铋，减少病菌毒素的吸收，缓解腹泻的症状。如果是侵袭性细菌引起的，需要适当的服用抗生素药物进行治疗，如果是大肠杆菌引起的，可以使用头孢曲松。如果是化脓性链球菌引起的，可以使用苯唑西林药物。此外可以适当使用益生菌药物，调理肠道菌群，如地衣芽胞杆菌活菌制剂。