甲硝唑最常见的副作用体现在消化道，一般患者会有恶心、食欲不振及腹部不适的症状，正常不影响治疗。另外，服用甲硝唑还可能会出现神经系统的症状，包括头晕、肢体麻木、多发性神经炎等。也有极少部分的患者服用甲硝唑后会出现荨麻疹、瘙痒、排尿困难的症状。这些症状在停止服用甲硝唑后，会自行消失，患者不需要太过担心。需要注意的是，怀孕的女性及在哺乳期的女性是禁止使用甲硝唑的。