怀孕快三个月肚子疼的原因：第一、肠道不适，因为胃肠道不适，引起的腹胀、腹痛等表现。第二、宫外孕，因为宫外的妊娠，引起的腹痛还会伴随着不规则的阴道流血表现。发生这种情况时，需要立即去往医院进行治疗。第三、子宫增大，因为胎儿的发育使子宫增大，会引起周围组织的压迫及牵拉，造成腹痛的表现。属于正常的表现，无需特别的处理。生活中需要多注意休息，避免过度劳累。