首先无创DNA与唐氏筛查的适用人群存在一定差异，唐氏筛查适用于孕期在15-20周、无生育异常史及家族遗产史且年龄低于35岁的孕妇。无创DNA则适于于不在唐氏筛查最佳时间段内或不符合唐氏筛查条件的孕妇。其次，无创DNA的检验评估结果相较于唐氏筛查的准确性略高。此外，无创DNA的检查项目并不包含唐氏筛查中的开放性脊柱裂。唐氏筛查的检查费用一般也较无创DNA的费用略低。