亚临床甲减的病因比较复杂，可能是多种因素共同作用导致。首先如果患者患有自身免疫性甲状腺疾病，比如桥本氏甲状腺炎症、萎缩性甲状腺炎等，有可能会出现亚临床的甲减，主要是疾病引起甲状腺分泌异常，甲状腺激素分泌减少。其次，饮食和生活习惯也有可能会诱发亚临床甲减，比如碘摄入过少、长期作息不规律等。部分使用硫脲类、咪唑类药物的患者也有可能会因为甲状腺受损出现亚临床甲减。