怀孕三个月肚子隐隐作痛有可能正常，因为怀孕三个月的时候，女性体内子宫增大，会压迫到周围的一些器官，同时还会牵拉到子宫圆韧带，就会导致肚子疼痛，往往这种疼痛感觉会出现在下腹部。但是并不是所有怀孕三个月出现肚子疼都是生理性的，也可能是病理性的因素所致，如果疼痛感较为剧烈，而且阴道还有少量的流血，考虑可能是无征兆流产，或者是宫外孕引起的，这种情况应该尽快去医院就诊。