肛瘘通常是由于肛管或者直肠部位出现脓肿引起，脓肿破溃或者切开引流就容易使局部形成外口，当外口暂时封闭时，就容易出现引流不畅的情况，从而在其他部位再次形成外口，反复发作后就容易出现多个瘘管和外口。如果患者饮食习惯较差，长期食用辛辣或者油腻性的食物，就可能引起肛瘘。如果患者经常久坐或者酗酒，也容易引起肛瘘。另外，如果患者在手术的过程中受到感染，也可能引起肛瘘。