首先两者的发病机制存在差别，毛囊炎为病原微生物感染、理化刺激等共同作用形成，而生殖器疱疹则为患者受单纯疱疹病毒感染形成。此外，两者的症状发展趋势不同，毛囊炎一般可由单一的红肿丘疹发展为带有黄白色脓液的脓疱，而生殖器疱疹患者通常可由群集性的疱疹破裂发展成大面积的糜烂。建议患者如无法鉴别，则可及时就医检查，并及时应用抗感染药物控制感染。