怀孕45天看不见孕囊的原因有很多。如果患者的月经不准时，经常推迟，排卵期也会相对延迟，会导致受精卵着床的较晚，就会出现45天看不见孕囊的情况。而发生宫外孕时，孕囊会在输卵管进行着床，也会导致患者看不到孕囊的情况。另外，当出现生化妊娠，当精子和卵子相结合，但还没来得及进入宫腔就被排出体外，也会导致检查时看不见孕囊。建议患者及时去医院查明病因后，再进行针对性的治疗。