孕酮过低即为女性自身黄体功能不足的直接表现。可引起黄体功能不足的原因包含卵泡发育不良、黄体生成素排卵高峰分泌不足、黄体生成素排卵峰后低脉冲缺陷等直接原因。由于上述发育缺陷及分泌缺陷，可直接导致孕酮的生成过程出现障碍，遂表现孕酮值低于正常范围。另外可间接导致孕酮较低的原因还有甲亢、甲减、子宫内膜异位症、高雄激素血症及特定药物的副作用及蓄积作用等。