孩子可能存在缺钙的问题。孩子三个月的时候，正是生长发育的高峰时期，此时家长如果没有及时给孩子补充钙剂，孩子有可能因此出现低钙血症的问题，进而导致夜间哭闹、入睡困难、枕秃等症状出现。另外，孩子晚上睡眠环境过于干燥或闷热，也会影响孩子睡眠质量，导致孩子入睡困难，或睡到半夜突然醒来。目前家长可带孩子去医院进行微量元素的检测，确定具体原因。