肝内胆管结石的患者通常会根据患者的自身情况，进行肝切除术、胆管切开取石术、胆管整形胆肠吻合术以及肝移植术等手术方式进行治疗。而对于多次手术复发、手术风险较高、以及无狭窄双侧肝内胆管结石的患者，会使用排石、止疼、退热、利胆等药物进行对症治疗。并进行经内镜逆行胰胆管造影或者经皮经胆管镜治疗的方式治疗。另外，术后残留结石的患者，还需要进行术后经引流管窦道胆道镜的取石以及碎石治疗。