性染色体通常指部分生物特有的性别遗传基因。因性染色体的差异，可出现雄雌区分。以人类为例，除二十二对常染色体外，还有一对染色体即为性染色体。男性为XY染色体，女性为XX染色体。性染色体为部分生物进化中为维持种群繁衍及遗传优化形成的特殊遗传介质，此方面有别于部分雌雄共体及无雌雄分别的生物。部分特殊的先天性疾病即由性染色体缺陷导致，故可出现性别携带及隔代遗传等特殊遗传现象。