脚踝扭伤治疗不当留下后遗症主要是对症治疗，如果出现脚踝疼痛的症状，可以通过休息以及适当服用止疼药的方法缓解症状。如果有脚踝关节轻微畸形的情况，可以通过关节外固定等方法进行矫正。如果脚踝关节畸形比较严重，也严重影响到脚踝的正常功能，可以去医院进行关节融合手术治疗，以免关节畸形继续加重无法矫正。建议脚踝扭伤后要及时带医院骨科进行复位固定，避免留下后遗症。