婴儿早上起来咳嗽的原因主要有以下两点：第一点，患儿咽部出现炎症反应，经过一夜的休息，其咽部由于缺少水分的滋润，就会刺激患儿咽部发痒，从而引起患儿早上起来咳嗽的症状；第二点，患儿出现感冒的症状，造成患儿痰液增多，由于早上起来发生体位的改变，所以痰液就会刺激患儿咽喉，引发咳嗽的现象。如果患儿出现早上咳嗽的现象持续时间较长，则建议家长及时带孩子去医院儿科就诊，对症治疗。