肛周脓肿若是比较表浅可口服广谱抗生素治疗，还可配合外用活血止痛类的膏药治疗。若是病情比较严重，则需行手术治疗，可选择用注射器将脓液抽吸掉，做减压治疗，也可选择直接手术切开排脓治疗。术后切口可用引流条引流，每天晚上还可用高锰酸钾行温水坐浴治疗，可促进肛周血液循环，有助于缓解疼痛和帮助消肿。另外，还可以预防性的口服阿奇霉素等抗生素，预防伤口感染。