大便的时候肛门疼痛可能是便秘引起，便秘的时候大便硬结导致直肠黏膜壁损伤，从而出现疼痛的现象。其次还可能是肛周脓肿、直肠炎、痔疮、肛裂以及肛窦炎等疾病所致，可以通过直肠指检以及直肠镜检查来诊断。如果确诊为肛窦炎所致，可能是长期食用辛辣食物、肛瓣受损、细菌感染、炎症反应以及肛窦内的腺管分泌不畅等因素诱发，可以通过保留灌肠以及坐浴来缓解。