嗓子两侧疼有可能是慢性扁桃体炎引起，这种疾病大多由于急性扁桃体炎反复发作所致，主要由于需氧菌感染以及厌氧菌感染所致，免疫力下降后更容易诱发此病。其次患者的这种症状还可能是化脓性扁桃体炎、口腔溃疡以及扁桃体周围脓肿等疾病所致，如果确诊为慢性扁桃体炎引起，可以使用氯己定含漱剂进行漱口，确诊为细菌感染引起后，可以使用抗生素药物来控制感染。