月经第六天有褐色分泌物主要是因为经血没有完全干净，有少量的内膜剥落出现在阴道里，通常情况下这种情况属于正常现象；其次可能是因为白带中带血引起的；也有可能是因为卵巢功能出现问题导致的；还有可能是因为子宫内膜出现炎症导致的。如果阴道出现褐色分泌物超过一周，需要尽快去医院进行相关的检查，明确具体的病因并在医生的建议下选择合适的治疗方法进行治疗，以免耽误最佳的治疗时间。