怀孕三个月同房还射里面了对宝宝没有太大的影响，因为此阶段孕妇子宫内会带有一层胎膜和胎盘组织，可以用来保护胎儿。但一般怀孕三个月的时候，是不建议同房的，毕竟怀孕初期，胎儿发育尚未成型，正处于不是特别稳定的阶段，如果此时进行同房，容易刺激到子宫，从而导致子宫收缩，加大流产的几率，因此怀孕初期，避免同房比较好，同时还要保持心情愉快，定期做好产检。