三个月宝宝掉头发可能是由于平时饮食不规律，导致营养不均衡所致。也可能是平时在夜间经常哭闹或者晚上不肯睡觉，导致睡眠不足所引发的。而宝宝体内缺乏维生素以及微量元素也会导致掉头发。另外，如果宝宝在睡觉时出汗较多，并且枕头较硬，导致宝宝在睡觉时感到不适，经常转动，导致头部不适，长时间的发生摩擦，也会出现脱发的情况。建议家长及时带宝宝到医院进行检查治疗。