女性在怀孕6周时有褐色的分泌物，可能是由于先兆流产引起的，可能与母体黄体功能不全、染色体异常、孕妇严重贫血、甲状腺功能减退、单纯疱疹等病原体感染、接触有毒有害的化学物质等；此外还可能是由于异位妊娠所致，与输卵管发育不良、受精卵游走、输卵管炎症等因素有关。在出现该现象后，需要及时进行B超检查，及时确诊。如果是先兆流产，则需要进行保胎治疗，并且需要卧床休息。