怀孕了内裤上有褐色分泌物可能和以下几种原因有关：一、受精卵着床。一般怀孕六天左右，受精卵在子宫内膜上着床的时候可能会出现阴道少量出血或流出褐色分泌物的情况。二、先兆流产。如果发现内裤上有褐色分泌物的同时伴有小腹疼痛的症状，则考虑是先兆流产的可能比较大。建议及时去医院妇产科做B超、孕酮、HCG等相关检查，找出引起先兆流产的原因后进行保胎治疗。