肾病综合征用环磷酰胺的副作用有以下几点：1.胃肠道反应，会出现恶心、呕吐、厌食、便秘及腹泻等症状。2.骨髓抑制，会出现白细胞数量降低的情况。3.重要脏器损害，会导致中毒性肝损害、泌尿系统毒性及性功能受损等表现。4.其他毒副反应，会出现脱发、水肿及出血性膀胱炎等症状。5.远期毒性反应，可能会导致不育或畸形。建议在应用此药物之前进行肝功能、血常规等检查，在服用药物时要多饮水。