怀孕三个月以后还是有发生胎停的可能的。因为造成胎停的原因并不会随着妊娠月份的增加而消失，如胎儿生长发育过程中出现染色体的异常，或者是孕三个月以后母体发生严重的生殖道的感染等等，都会导致胚胎停止发育。孕期应该定期完善相关的检查，以便及时发现问题，如果孕期出现腰部酸痛难忍或者是阴道流血为咖啡色等异常情况，都应该及时去医院就诊，以明确病因，及时处理。