小儿肠炎大多数是由于感染引起的，包括病毒感染、细菌感染、真菌感染、寄生虫感染等；而且幼儿的消化系统和免疫系统发育不完善，抵抗外界病菌的能力较差，很容易导致病原体入侵，从而引发肠炎；包括喂养不当、饮食不洁等都是常见的诱发因素。其中病毒感染和细菌感染是较为常见的，病毒感染主要有轮状病毒、诺沃克病毒等，细菌感染包括空肠弯曲菌、沙门菌、痢疾杆菌等等。