克罗恩病的患者主要表现为消化不适的症状，如腹泻、腹胀、腹痛、腹部包块、消化不良等不适的症状。患者在进食后会出现腹部疼痛加重的症状，在饭后疼痛可以逐渐的缓解。此外还会导致肠道的瘘管形成，该疾病会穿透肠壁，形成瘘道。如果是肛门周围病变，会导致直肠周围肛瘘症状。其次患者还会出现全身不适的症状，如发热、食欲减退、贫血、骨质疏松、酸碱平衡紊乱等。