无痛胃镜的风险是比较低的，也是相对比较安全的。但是无痛胃镜是在全麻的条件下进行的，所以无痛胃镜的风险主要在于麻醉，在做无痛胃镜前应该进行麻醉的评估，明确患者对麻药是否过敏，同时应该进行乙肝5项和心电图检查。部分患者会伴有严重打鼾、支气管炎、心动过缓过度肥胖等病症，在进行全麻的时候，很可能会抑制正常的呼吸，患有呼吸道相关疾病的人群也是不宜做无痛胃镜的。