怀孕初期患有卵巢囊肿，首先要判断出囊肿的性质。如果是生理性卵巢囊肿，并且对子宫没有明显的压迫症状，可以顺其自然。因为生理性卵巢囊肿会出现自行消失或缩小的情况，怀孕期间只需过定期观察就可以了，暂时不做处理。如果是病理性卵巢囊肿，需进行治疗，以免对胎儿的发育造成不利影响。但是需要等到12周以后再进行手术治疗，过早手术治疗容易导致流产。