鉴别高位肛瘘和低位肛瘘需要根据瘘管和括约肌的关系去判断，低位肛瘘在括约肌的1/3以下的位置，而高位肛瘘在括约肌的1/3以上的位置；高位肛瘘的患者在进行治疗的时候，治疗起来比较的困难，因为肛瘘的位置高，即使进行了治疗，也有较高的复发率。在进行治疗的时候，可以通过肛瘘挂线的方式去治疗，治疗时可能还要切除一部分的肛门括约肌，低位肛瘘的患者只需要进行肛瘘剔除术治疗即可。