肠炎常见症状为腹泻、脱水、休克，一般以补液和药物搭配治疗。药物治疗包括，补液溶液可使用葡萄糖电解质溶液可预防脱水或治疗轻度脱水，即使患者仍有呕吐，也应少量多次口服补液，补充体液容量可减轻呕吐。腹泻时，可给予止泻药洛哌丁胺或苯乙哌啶片剂或液剂。再使用甲硝唑或万古霉素治疗，具有免疫力的患者，硝唑尼特三天治疗方案对肠道隐孢子虫病是有效的，甲硝唑或硝唑尼特可治疗贾第鞭毛虫病。疼痛时，可使用解痉止痛药，比如阿托品等，可抑制肠道蠕动及肠液分泌，达到止疼止泻的作用。