治疗扁平疣的药膏有很多，临床上常用的是维A酸乳膏、5-氟尿嘧啶软膏。如果疣体较小，可以采用外用药物的方式治疗。但是对于数量较多、体积较大的扁平疣，治疗的效果较差，应该配合阿昔洛韦等药物治疗。必要时也可以去医院进行激光、冷冻等方式先将疣体去除。在治疗期间需要注意个人卫生，由于扁平疣具有传染性，因此在疾病尚未治愈前不宜和他人密切接触，避免将病毒传染他人。