萎缩性胃炎以去除病因为主，积极治疗原发疾病和创伤，纠正病理生理紊乱。反酸、腹痛时，给予抑酸治疗，比如抗酸剂、H2受体阻滞剂等；胃黏膜损伤时使用保护和增强胃黏膜防御功能或防止胃黏膜屏障受到损害的药物，比如胶体铋剂、铝碳酸镁、硫糖铝、谷氨酰胺类、瑞巴派特等；腹胀、消化不良时使用动力促进剂；A型萎缩性胃炎有恶性贫血者可使用维生素B12；根除Hp治疗药物有铋剂、阿莫西林、克拉霉素、四环素、甲硝唑等。