生殖器疱疹患者的生殖器部位或者肛门部位有较多的小水泡，随后会逐渐溃烂，从而引起疼痛不适的症状。在疱疹出现前局部可能会出现异常的感觉，如针刺感、烧灼感等。患者还会伴有乏力、发热、头痛等全身不适的症状。而且该疾病症状可以反复发作，再次发作时的全身以及局部的皮损症状较轻。一般病程时间较短，如果自身有免疫缺陷的患者病程会加长，可持续超过1个月左右。