三个月宝宝大便绿色的治疗方式有以下几方面：第一，如果是宝宝肠道菌群失调导致绿脓杆菌感染引起的大便颜色偏绿，这种情况需要遵医嘱补充肠道有益菌进行改善。第二，如果是腹部受凉引起，此时可以使用热水袋热敷腹部，同时需要加强腹部的保暖。第三，还有可能是食用的奶粉中含有丰富的铁元素，此时需要避免一次性或者大量的添加多种辅食。建议家长带宝宝去医院检查具体原因后，再进行治疗。