克罗恩病的症状分为消化系统表现、肠外表现表现、全身表现三种。消化系统表现有腹痛、腹泻、右下腹包块、瘘管以及直肠周围瘘管、脓肿、肛裂等。肠外表现为部分患者会出有虹膜睫状体炎、葡萄膜炎、关节炎、口腔黏膜溃疡、慢性肝炎、硬化性胆管炎等病症。全身表现包括发热，且以间歇性低热或者是中等发热为主。还会有食欲减退、腹泻、体型消瘦、贫血、缺钙、水电解质以及酸碱平衡紊乱等症状。