早上起来眼睛疼可能是长时间熬夜导致眼睛疲劳引起的，出现这种情况还考虑是过敏性结膜炎、细菌性结膜炎、干眼症、角膜炎、眼睛外伤、麦粒肿、虹膜睫状体炎、眶蜂窝织炎、青光眼等疾病引起的。建议最好去做眼底检查和裂隙灯检查，如果是细菌性结膜炎引起的，需要滴左氧氟沙星滴眼液治疗。如果是麦粒肿导致的，则需要涂红霉素软膏缓解。这段时间要保持眼部清洁，要避免揉眼。