唇腭裂属于一种先天性疾病。唇腭裂的出现与遗传有关，母亲或是父亲患有唇腭裂，子女的患病率会有所升高，尤其是近亲结婚的子女发病率更高。唇腭裂的出现与胚胎生长发育的环境有关，怀孕早期的孕妇营养不良或是体内缺乏大量的叶酸，可能会导致胎儿唇腭裂。女性在怀孕期间抽烟喝酒，或是服用阿司匹林、抗生素、激素类的药物，使胎儿的患病率增加。孕妇在妊娠早期遭受病毒感染，也可能会导致唇腭裂。