心理咨询师证书的发放部门主要分为四个：国家卫生健康委员会、各省、自治区、直辖市卫生健康委员会以及中国心理学会，这四个部门共同负责对心理咨询师的培训、考核和认证工作，确保心理咨询师的专业素质和能力得到充分保障。

国家卫生健康委员会是心理咨询师证书发放的最高主管部门，根据《中华人民共和国卫生健康事业发展“十三五”规划纲要》和《全国心理健康工作规划(2015-2020年)》等文件精神，国家卫生健康委员会负责制定心理咨询师职业发展规划，组织实施心理咨询师培训和考核工作，对符合条件的心理咨询师进行认证并颁发证书。

各省、自治区、直辖市卫生健康委员会在国家卫生健康委员会的指导下，负责本辖区内心理咨询师的培训、考核和认证工作，各级卫生健康委员会会同当地教育、人力资源和社会保障等部门，组织开展心理咨询师培训课程，对参加培训的人员进行考核，确保培训质量和效果，通过考核的人员，可以向所在地级卫生健康委员会申请颁发心理咨询师证书。

中国心理学会作为心理咨询师专业组织，也参与到心理咨询师证书的发放工作中，中国心理学会负责组织和管理心理咨询师的培训和考试工作，对参加培训和考试的人员进行审核和评价，为符合条件的人员提供证书颁发建议，中国心理学会还积极开展心理咨询师的专业交流和学术研究活动，推动心理咨询行业的发展和进步。

心理咨询师证书的发放涉及国家卫生健康委员会、各省、自治区、直辖市卫生健康委员会以及中国心理学会等多个部门的共同努力，这四个部门分工明确、协同合作，共同维护心理咨询师职业的权威性和专业性，为广大民众提供优质的心理咨询服务。