心理咨询师证书认证机构的部门负责主要包括以下几个方面：

1、国家卫生健康委员会(National Health Commission of the People's Republic of China,简称NHC):作为中国政府部门，国家卫生健康委员会负责制定和发布心理咨询师行业的政策法规，对心理咨询师证书认证机构进行监管和管理，NHC下设的国家心理健康和精神卫生中心(National Mental Health and Psychological Health Center)负责心理咨询师培训和考试的组织工作。

2、中国心理卫生协会(Chinese Society of Psychological Health,简称CSPH):是中国心理咨询师行业的权威组织，负责组织和开展心理咨询师的专业培训、考试、资质认证等工作，CSPH下设的职业能力评价与认证中心(Occupational Ability Evaluation and Certification Center,简称OAEC)负责心理咨询师证书的认证工作。

3、各省、自治区、直辖市卫生健康委员会：在国家卫生健康委员会的指导下，各省、自治区、直辖市卫生健康委员会负责本地区的心理咨询师行业管理，包括心理咨询师证书认证机构的审批、监督和管理，各地区的卫生健康委员会下设的心理健康服务中心(Psychological Health Service Center)负责本地区心理咨询师培训和考试的具体实施。

4、高校和职业培训机构：为了满足社会对心理咨询师的需求，高校和职业培训机构开设了心理咨询相关的专业课程和培训项目，这些机构在国家卫生健康委员会和中国心理卫生协会的指导下，负责组织和实施心理咨询师的培训工作，为学员提供专业的知识和技能。

5、心理咨询师证书认证机构：除了政府部门和相关组织开展的培训和考试外，还有一些专门从事心理咨询师证书认证工作的机构，这些机构通过与中国心理卫生协会合作，为学员提供专业的心理咨询师证书认证服务，这些认证机构通常具有一定的资质和经验，能够确保证书的真实性和有效性。

6、国际心理咨询师认证组织：随着全球心理咨询行业的交流与合作日益密切，一些国际心理咨询师认证组织也开始在中国开展业务，这些组织通常具有较高的国际声誉和专业水平，为学员提供了国际化的心理咨询师证书认证服务，在选择国际认证组织时，学员需要注意了解其在中国的授权情况和服务质量。

心理咨询师证书认证机构的部门负责涉及政府部门、专业组织、高校、职业培训机构等多个方面，在选择心理咨询师证书认证机构时，学员需要综合考虑各方面的因素，确保所获得的证书具有权威性和可信度，学员还需关注行业动态，不断提升自己的专业素养，以适应社会对心理咨询师的需求。