中医针灸理疗师证，即中华人民共和国国家职业资格证书，是国家对从事中医针灸理疗工作的人员进行资格认证的一种证书，该证书的颁发部门主要有以下几个：

1、人力资源和社会保障部：这是最主要的颁发部门，负责全国范围内的职业资格证书颁发工作，在人力资源和社会保障部颁发的证书具有最高的权威性和认可度。

2、国家卫生健康委员会：作为中医药管理部门，国家卫生健康委员会也会颁发相关的中医针灸理疗师证书，但相较于人力资源和社会保障部，其颁发的证书权威性和认可度可能会稍低一些。

3、各省、自治区、直辖市人力资源和社会保障厅(局):各省、自治区、直辖市人力资源和社会保障厅(局)也会颁发中医针灸理疗师证书，但其权威性和认可度同样会受到人力资源和社会保障部的影响。

4、各省、自治区、直辖市卫生健康委员会：部分省市卫生健康委员会也会颁发中医针灸理疗师证书，但其权威性和认可度同样受限于人力资源和社会保障部和国家卫生健康委员会。

5、行业协会或学会：部分行业协会或学会也会颁发中医针灸理疗师证书，但这类证书的权威性和认可度相对较低，主要是为了满足行业内部的需求。

从权威性和认可度的角度来看，人力资源和社会保障部颁发的中医针灸理疗师证书是最好的选择，具体的颁发部门还需根据个人所在地区和实际情况来判断，在选择颁发部门时，可以参考以下几个方面：

1、了解当地政府对职业资格证书的重视程度和政策支持情况，选择政府主导的颁发部门可能更有保障。

2、咨询当地的职业培训机构、行业协会或学会等，了解他们对于哪些部门颁发的证书更认可。

3、可以查阅相关资料，了解不同部门颁发的证书在就业、晋升等方面的优劣势，以便做出更明智的选择。

4、可以咨询已经获得过中医针灸理疗师证书的前辈或同行，了解他们的经验和建议。

在选择中医针灸理疗师证颁发部门时，应综合考虑各方面因素，选择最有利于自己发展的机构，也要注意防范一些非正规机构或个人冒充政府部门颁发证书的现象，确保自己的权益不受损害。