运动康复师证发证机构主要分为以下几个部门：

1、国家卫生健康委员会(National Health Commission of the People's Republic of China,简称NHC):作为中国政府部门，国家卫生健康委员会负责制定和发布与健康相关的政策、法规和标准，在运动康复领域，NHC会通过制定相关政策和标准，对运动康复师的培训、考核和发证进行监管。

2、中国残疾人联合会(China Disabled Persons' Federation,简称CDPF):作为中国的残疾人权益保障机构，CDPF负责协调和推动残疾人事业的发展，在运动康复领域，CDPF会与NHC等部门合作，为运动康复师提供专业培训和技能认证，帮助残疾人更好地融入社会。

3、中国体育科学学会(Chinese Society of Sports Science,简称CSSS):作为中国体育科学领域的学术组织，CSSS负责组织和推动运动康复领域的学术研究、交流和合作，在运动康复师证发证方面，CSSS会与中国残疾人联合会等相关部门共同制定培训大纲和考核标准，对运动康复师进行专业培训和技能认证。

4、中国职业技能鉴定指导中心(China Vocational Skills Certification Center,简称CVCC):作为国家级职业技能鉴定机构，CVCC负责组织开展各类职业技能鉴定工作，在运动康复师证发证方面，CVCC会与中国残疾人联合会等相关部门共同制定培训大纲和考核标准，对运动康复师进行专业培训和技能认证。

5、各省级卫生健康委员会：在国家层面制定和发布相关政策、法规和标准的基础上，各省级卫生健康委员会会根据本地区的实际情况，制定具体的地方性政策和措施，在运动康复师证发证方面，各省级卫生健康委员会会与中国残疾人联合会等相关部门共同制定培训大纲和考核标准，对运动康复师进行专业培训和技能认证。

6、各级残疾人职业培训机构：为了帮助残疾人掌握运动康复技能，提高就业能力，各级残疾人职业培训机构会与中国残疾人联合会等相关部门合作，开展运动康复师的专业培训，在培训结束后，学员需要参加由上述部门组织的考核，取得相应的证书。

7、企事业单位：部分企事业单位会设立专门的运动康复部门，负责为员工提供运动康复服务，这些单位会与专业的运动康复师培训机构合作，为员工提供专业的培训和技能认证，在培训结束后，员工可以获得由上述部门颁发的运动康复师证书。

运动康复师证发证机构主要包括国家卫生健康委员会、中国残疾人联合会、中国体育科学学会、中国职业技能鉴定指导中心、各省级卫生健康委员会、各级残疾人职业培训机构以及企事业单位等，这些部门共同协作，确保运动康复师的培训、考核和发证工作得到有效规范和管理。