中医康复理疗师证书的颁发机构有很多，其中比较知名的有中国中医科学院、北京中医药大学、上海中医药大学等，这些机构颁发的证书含金量都比较高，但是具体哪个机构颁发的证书含金量最高，需要根据不同的标准来衡量，可以从以下几个方面来考虑：

1、机构的声誉和历史：历史悠久、声誉卓著的机构颁发的证书更加具有权威性和可信度。

2、师资力量：优秀的师资力量是保证教学质量的重要因素之一，如果一个机构拥有一支高水平的师资队伍，那么他们颁发的证书自然也更有价值。

3、课程设置：合理的课程设置可以更好地满足市场需求和个人发展需要，如果一个机构的课程设置科学合理、内容丰富实用，那么他们颁发的证书也会更有吸引力。

4、实践环节：中医康复理疗师需要具备一定的实践能力，因此实践环节也是衡量证书含金量的一个重要指标，如果一个机构能够为学员提供充足的实践机会和良好的实践环境，那么他们颁发的证书也会更有价值。

中医康复理疗师证书颁发机构有很多，每个机构都有自己的优势和特点，选择哪个机构颁发的证书取决于个人需求和实际情况。