健康管理师证发行机构是指负责管理和监督健康管理师证书发放的政府部门或专门机构，随着人们对健康的重视程度不断提高，健康管理师这一职业逐渐受到广泛关注，为了规范健康管理师的培训和考核，各国政府纷纷设立了相应的发证机构，以确保健康管理师的专业素质和能力得到有效保障。

在中国，国家卫生健康委员会(原卫生部)是负责全国卫生健康工作的主管部门，也是健康管理师证书的发放机构之一，国家卫生健康委员会下设多个部门，如人事司、规划财务司等，负责健康管理师证书的管理工作，各省、自治区、直辖市卫生健康委员会也会参与到健康管理师证书的发放工作中，共同确保健康管理师的专业素质得到保障。

除了政府部门外，一些专业的培训机构和学术机构也承担着健康管理师证书的发放工作，这些机构通常会与政府部门合作，共同制定培训课程和考核标准，确保培训质量和证书的权威性，中国医药教育协会、中国保健营养学会等专业组织，以及一些知名的医学院校和管理学院，都设有专门的健康管理师培训课程和考核体系。

在国际上，健康管理师证书的发放机构也有多种形式，美国注册健康教练和营养专家(Registered Health Coach and Nutrition Specialist)认证机构，由美国国家运动医学学院(ACSM)和美国营养学会(Academy of Nutrition and Dietetics)共同颁发；英国皇家公共卫生学院(Royal Society for Public Health)则负责英国皇家公共卫生医师(RSPH)和皇家公共卫生硕士(RSPHM)等专业资格证书的发放。

健康管理师证发行机构在规范健康管理师行业发展、提高从业人员素质方面发挥着重要作用，各国政府、专业培训机构和学术机构等都在努力推动健康管理师行业的健康发展，为人们提供更加专业、科学的健康服务。