健康管理师证是在2005年10月劳动和社会保障部第四批正式发布的11个新职业之一，2005年12月，劳动和社会保障部425号文件《关于同意将医疗救护员等2个新职业纳入卫生行业特有职业范围的函》将健康管理师列为卫生行业特有职业(工种)归入原卫生部进行管理。

2017年2月21日，人社部和卫计委都没再进行健康管理师的鉴定工作，而整个2017年，人社部和卫计委都没再进行健康管理师的鉴定工作。

目前，健康管理师证书已经纳入国家职业目录。