中医针灸理疗师证书是国家职业资格证书，由国家人力资源和社会保障部颁发，根据《国家职业资格证书管理办法》规定，国家职业资格证书分为三个等级：高级、中级和初级，高级职称包括正高级和副高级，中级职称包括中级和初级。

目前，国家职业资格证书的颁发部门主要有两个：一是人力资源和社会保障部，二是卫生健康委员会，这两个部门都是国家授权的职业资格证书颁发机构，具有同等权威性，在选择颁发中医针灸理疗师证书的部门时，可以根据自己的实际情况进行选择。

如果您想在医院或诊所等医疗机构工作，建议选择卫生健康委员会颁发的证书，因为卫生健康委员会是中医药管理部门的主管部门之一，对于中医药行业的管理和监督比较严格，所颁发的证书也更加具有权威性和可信度。

如果您想自己创业或者开设中医针灸理疗中心等机构，可以选择人力资源和社会保障部颁发的证书，因为人力资源和社会保障部是国家公务员制度的主管部门之一，其颁发的证书在全国范围内都具有法律效力和公信力。

无论您选择哪个部门颁发的中医针灸理疗师证书，都需要注重自身的专业技能和实践经验的积累，不断提高自己的综合素质和竞争力，也要遵守相关法律法规和职业道德规范，为人民群众提供优质的中医针灸服务。