中医针灸师证办理机构主要是指在国家卫生健康委员会(原卫生部)批准的各级中医药管理部门、中医药院校、中医药科研机构等单位进行审批的，这些单位负责对申请中医针灸师证的人员进行资格审核、培训和考核，确保中医针灸师具备相应的专业知识和技能，以下是一些主要的中医针灸师证办理机构：

1、国家卫生健康委员会(原卫生部):作为中医药行业的主管部门，国家卫生健康委员会负责制定中医药行业的政策、法规和标准，对中医药行业进行监督管理，在中医针灸师证的审批过程中，国家卫生健康委员会会对申请人员的资格进行审核，确保其具备相应的专业知识和技能。

2、各省、自治区、直辖市卫生健康委员会：各省、自治区、直辖市卫生健康委员会在国家卫生健康委员会的指导下，负责本行政区域内的中医药管理工作，各地卫生健康委员会也会对申请中医针灸师证的人员进行资格审核，确保其具备相应的专业知识和技能。

3、中医药院校：中医药院校是培养中医药人才的重要基地，负责对学生进行系统的中医药理论和实践教育，在中医针灸师证的培训过程中，中医药院校会组织相关课程的教学，帮助学生掌握中医针灸的基本知识和技能。

4、中医药科研机构：中医药科研机构主要从事中医药的研究和开发工作，为中医药行业提供技术支持和创新，在中医针灸师证的考核过程中，中医药科研机构会对申请人员的专业知识和技能进行评估，确保其具备相应的能力。

5、其他相关部门：除了以上提到的主要单位外，还有一些其他部门也会参与到中医针灸师证的审批过程中，如人力资源和社会保障部门、中医药行业协会等，这些部门会协助上述单位对申请人员进行资格审核、培训和考核。

中医针灸师证办理机构主要包括国家卫生健康委员会(原卫生部)、各省、自治区、直辖市卫生健康委员会、中医药院校、中医药科研机构以及其他相关部门，这些单位共同负责对申请中医针灸师证的人员进行资格审核、培训和考核，确保其具备相应的专业知识和技能。